Trzeci film, Men in Black, jest kontynuacją słynnej amerykańskiej komedii. Obsadami są ci sami Tommy Lee Jones i Will Smith. Pracę reżysera ponownie przejął Barry Sonnenfeld, producent wykonawczy Stevena Spielberga. W kinach film rozpoczął się 23 maja 2012 r.
Tym razem rolę negatywnego bohatera przejmuje Jamain Clement, gra Boris. To przestępca, który uciekł z Więzienia Księżycowego. Płonie nienawiścią do agenta Kay, który w lipcu 1969 r. Złapał przestępcę i zostawił go bez ręki. Kiedy Kay nagle dowiaduje się, że Boris ucieka, wyraża wielki żal, że go nie zabił podczas aresztowania. Następnie agent po prostu znika, a tylko Jane pamięta, że istniał. Reszta czarnego personelu uważa, że Kay zmarła w starciu z jakimś przestępcą w 1969 roku.
Jedynym wyjaśnieniem tego wstrząsu rzeczywistości jest zmiana w przeszłości. Jay i agent O decydują, że był w to zaangażowany Boris. Potwierdzeniem tego jest kolejne wydarzenie w kosmicznej skali - inwazja rasy Borysów na Ziemi. W poprzedniej rzeczywistości było to niemożliwe, ponieważ Kay zainstalowała na planecie urządzenie ochronne o nazwie „ArcNet”. Teraz, w związku ze śmiercią agenta kilka dekad temu, Ziemia nie miała żadnej osłony przed wrogami kosmicznymi.
Jay odkrywa, że Boris został wysłany w przeszłość przez Jeffreya Price'a, dystrybutora elektroniki, który miał nielegalny przesuwnik czasu w swoim arsenale. Agent nie ma wyboru i musi cofnąć się w czasie, aby uratować swojego partnera. I natychmiast zostaje aresztowany przez młodą Kay. Podczas przesłuchania Jay mówi mu wszystko, a przyszły partner wierzy. Razem odnajdują Arcanian Griffin, który ma ArkNet. Teraz cała trójka kontynuuje podróż i wyrusza, aby ustanowić ochronę na Księżycu. Ale na rakiecie są aresztowani przez pułkownika. Teraz staje się strażnikiem tajemnicy Jaya.
Od tego momentu następuje szybki rozwój wydarzeń. Bohaterowie spotykają się z dwoma Borisami i dochodzi do walki. Przestępca z przyszłości zostaje wrzucony do kopalni rakiet, a za nim podąża młody Boris. Zainstalowano zabezpieczenie uziemienia. A teraz wydaje się, że misja Jaya została zakończona, ale pojawia się cudowny młody przestępca, który przeżył. Pułkownik umiera, ale Borisowi udaje się go zniszczyć. A w filmie pojawia się nowa postać. Chłopiec wysiada z samochodu pułkownika i zaczyna szukać ojca. Agent rozpoznaje siebie. Jay wraca w odpowiednim czasie i spotyka Kay w kawiarni. Wszystko wróciło.
