Wnętrze cerkwi jest zwykle podzielone na trzy części: krasnolud, część główna i ołtarz. Ołtarz jest najświętszym miejscem świątyni. To tam dokonuje się cud nakładania chleba i wina na Ciało i Krew Jezusa Chrystusa.
W cerkwi ołtarz jest oddzielony od głównej sali dla wiernych ścianą z ikonami zwanymi ikonostasem. Sam ołtarz zajmuje mniejszą powierzchnię niż główna część świątyni, w której wierni oddają cześć. Ponieważ ołtarz jest najświętszym miejscem świątyni, wstęp do niego mają tylko kapłani i ludzie, którzy mają specjalne błogosławieństwo duchowieństwa.
Pośrodku ołtarza jest święty tron. To na nim sprawuje się sakrament Eucharystii podczas Boskiej liturgii. Kapłan stoi przed tronem podczas nabożeństwa. Na samym tronie znajdują się krzyże ołtarzowe, ewangelia, antyminy, a także strażnik darów i lampa. W straży darów są wysuszone święte dary dla komunii wierzących w domu.
W północnej części ołtarza cerkwi znajduje się ołtarz. To na nim kapłan popełnia proskomida, przygotowuje chleb i wino na sakrament Eucharystii. W pewnym momencie liturgii niewtajemniczony chleb i wino przenoszone są na tron.
Integralną częścią ołtarza prawosławnego jest menora, usytuowana za tronem bliżej wschodniej części. Menora to struktura siedmiu lamp lub świec. Jeśli menora jest niewielka, może znajdować się na samym tronie. Podobny obiekt wciąż znajdował się w ołtarzu przybytku Starego Testamentu.
Wschodnia ściana ołtarza ozdobiona jest ikoną Chrystusa Zbawiciela. Najczęściej święty obraz przedstawia zmartwychwstanie Jezusa Chrystusa. Ta część ołtarza nazywa się wysokim miejscem. Przed ikoną Zbawiciela najczęściej wisi lampa, a na bardzo wysokim miejscu jest miejsce dla duchownego.
W południowej części ołtarza najczęściej umieszczane jest miejsce na kadzielnicę. Może być też kuchenka elektryczna, na której ołtarz może zapalić węgiel do kadzielnicy.
Również w ołtarzu mogą znajdować się groby z całunem Jezusa Chrystusa i Najświętszej Dziewicy. Konkretne położenie tych świątyń wskazuje rektor świątyni.
Należy zauważyć, że wnętrze ołtarza zdobią różne ikony lub malowidła ścienne. Działki obrazów i świętych obrazów mogą być różne. Czasami są to wydarzenia z historii Nowego Testamentu, w innych przypadkach - twarze świętych, aniołów lub Matki Bożej.
